编写R程序包通常包括的步骤
如何在windows中创建R程序包?
张金龙jinlongzhang01@gmail.com2010年5月9日修订
在Windows环境下如何编写R程序包,即生成供linux环境编译运行的tar.gz文件,也生成供windows下使用的.zip文件呢?其实并不复杂,只要下载一些工具软件,按照相应的步骤填写相应的“表格”,继而运行一些简单的指令,就可以生成R的程序包了。
(1)工具软件Rtools的安装和备选软件的安装。
(2) r脚本的准备,也就是用来生成程序包的函数脚本。
(3) 利用R中自带的package.skeleton()函数,生成制作包所需要的Description 文件和帮助文件帮助文件.rd。
(4) 编辑该函数生成的Description 文件和帮助文件.rd
(5) 在windows cmd的命令行中输入相应的命令,生成zip文件或者.tar.gz
下面我们来一起建立只有一个函数的R程序包,来详细说明:
一 工具软件安装和配置
制作r包的工具软件包括Rtools,HTML编译器(R2.10后不需要HTML编译器),MikTeX 或 Ctex (备选软件不一定要安装):
1 工具软件安装
(1)Rtools(制作R包的主要工具)
Rtools是在windows下制作R包的一系列工具,其中包括
1)CYGWIN 在Windows下模拟UNIX环境
2)MinGW编译器,可用来编译C和Fortran语言。
3)Perl
下载地址:
http://s.pc.qq.com/discuz/image/transparent.gif
http://www.murdoch-sutherland.com/Rtools/
(2) 微软HTML编译器(备选):
用来从源文件生成HTML格式的帮助文件(2.10以后的版本则不需要)
下载地址:
http://go.microsoft.com/fwlink/?LinkId=14188
(3) MikTeX 或CteX(备选)
用来生成PDF格式的帮助文件
下载地址:
http://www.miktex.org/
www.ctex.org/
分别按照要求安装好。
2 设置文件启动路径:设置启动路径的目的是在cmd命令行可以直接调用Rtools。右键点击:
我的电脑属性高级环境变量系统变量PATH一项,点击“编辑”,检查是否具有以下路径,如果没有,需要手工添加:
c:\uRtools\bin;c:\uRtools\uperl\bin;c:\uRtools\uMinGW\bin; C:\uCTEX\uMiKTeX\umiktex\bin;C:\uCTEX\uCTeX\uctex\bin;C:\uCTEX\uCTeX\cct\bin;C:\uCTEX\uCTeX\ty\bin;C:\uCTEX\uGhostscript\gs8.64\bin;C:\uCTEX\uGSview\ugsview;C:\uCTEX\uWinEdt;C:\uProgram Files\R\R-2.9.0\bin\;
二 R脚本的准备
假如现在我们已经有了一个编好的R函数linmod,用来给出回归的精确结果,存成了r脚本的格式,文件名为linmod.r
其内容如下所示,那么该如何制作R程序包呢?
linmod- function(x, y)
{
qx - qr(x)
coef - solve.qr(qx, y)
df - nrow(x)-ncol(x)
sigma2 - sum((y - x%*%coef)^2)/df
vcov - sigma2 * chol2inv(qx$qr)
colnames(vcov) - rownames(vcov) - colnames(x)
list(coefficients = coef,
vcov = vcov,
sigma = sqrt(sigma2),
df = df)
}
三 R包框架的准备
1 生成准备文件
登陆R :开始所有程序RR.2.9.0
(1)清除内存中的对象: rm(list=ls())
(2)设定工作目录,这里设定为 c:/pa
setwd(c:/pa)
(3)将制作包的源文件 linmod.r拷贝到c:/pa/文件夹下,
之后输入:(注R工作界面最好是英文,中文有时候会出错)
package.skeleton(name=linmod,code_files=c:/pa/linmod.r)
此时,R控制台中显示
Creating directories ...
Creating DESCRIPTION ...
Creating Read-and-delete-me ...
Saving functions and data ...
Making help files ...
Done.
Further steps are described in './linmod/Read-and-delete-me'.
可以看到c:/pa文件夹下新出现了一个linmod文件夹
该文件夹下的内容就是R包的框架,包括data文件夹,man文件夹,只要按要求将其填写完整,再进行相应的编译即可。
首先查看Read-and-delete-me文件
文件内容如下:################################################################
* Edit the help file skeletons in 'man', possibly combining help
files for multiple functions.
* Put any C/C++/Fortran code in 'src'.
* If you have compiled code, add a .First.lib() function in 'R' to
load the shared library.
* Run R CMD build to build the package tarball.
* Run R CMD check to check the package tarball.
Read Writing R Extensions for more information.####################################################################
大致意思如下:
可以man文件夹下编辑帮助文件
C/C++/Fortran 的源代码应该放入src文件夹下
需要在登录时载入包
可以运行R CMD建立和检查相应的包注:这里的R CMD说的是在Linux的终端输入的命令,实际上在Windows环境中应该输入 Rcmd build packname 给源程序打包,Rcmd build --binary packname建立zip包。Rcmd check packname 检查程序包的错误。
更多信息,应该阅读Writing R Extensions
2 编辑Description文件和rd文件
(1) Description文件的编辑
按照提示,填好各项
Description文件是该程序包的简介,这一格式是Debian Linux的作者发明的。内容如下:
####################################
Package: linmod
Type: Package
Title: test for linear regression
Version: 1.0
Date: 2009-07-20
Author: helixcn
Maintainer: helixcn
Description: To give the exactly results of linear regression.
License: GNU 2 or later
LazyLoad: yes
#####################################
(2)man文件夹中.rd文件编辑
man文件夹中包含两个文件 linmod.Rd和linmod-package.Rd,分别是对linmod()函数和linmod包的介绍,下面逐项填写:
1) linmod.RdRd文件的格式与Tex的格式很像,如果有LaTex的基础,则会毫不费力。如果没有,则需要仔细琢磨一下了。#################################################################
ame{linmod}
\uRdversion{1.1}
\ualias{linmod}
%- Also NEED an '\ualias' for EACH other topic documented here.
\utitle{
linear regression
}
\udescription{
to give the more exactly results of linear regression
}
%usage{
linmod(x, y)
}
\uarguments{
\uitem{x}{
a numeric design matrix for the model
}
\uitem{y}{
a numeric vector of responses
}
}
\udetails{
}
\ureferences{
Friedrich Leisch,2008 Creating R Packages: A Tutorial
}
\uauthor{
helixcn
}
ote{
Please read Friedrich Leisch,2008
}
\uexamples{data(cats, package=MASS)
mod1 - linmod(Hwt~Bwt*Sex, data=cats)
mod1
summary(mod1)}
\ukeyword{ ~kwd1 }
\ukeyword{ ~kwd2 }% __ONLY ONE__ keyword per line
###########################################################
2)linmod-package.Rd##########################################################
ame{linmod-package}
\uRdversion{1.1}
\ualias{linmod-package}
\ualias{linmod}
\udocType{package}
\utitle{Linear Regression Modification}
\udescription{to Give the more exactly output of linear regression rather than R default}
\udetails{
\utabular{ll}{
Package: \tab linmod\cr
Type: \tab Package\cr
Version: \tab 1.0\cr
Date: \tab 2009-07-20\cr
License: \tab GNU 2.0 or later\cr
LazyLoad: \tab yes\cr
}
}
\uauthor{helixcn
Maintainer: helixcn }
\ureferences{
Friedrich Leisch,2008,Creating R Packages: A Tutorial
}
\useealso{lm}
\uexamples{
data(cats, package=MASS)
mod1 - linmod(Hwt~Bwt*Sex, data=cats)
mod1
summary(mod1)
}
######################################################################注意:在Rd文件中,不要出现ASCII码以外的内容,否在在Rcmd check中将不能通过。
四 通过cmd创建R包在Windows下
开始运行cmd
键入 cd c:\pa\ 将工作目录转移到c:/pa下
键入 Rcmd build --binary linmod制作window zip包
键入 Rcmd build linmod制作linux平台下可运行的tar.gz包命令运行完之后可以发现,在c:/pa/文件夹下分别生成了linmod.zip和linmod.tar.gz压缩包。键入 Rcmd check linmod 对linmod程序包源代码中的各项内容进行检查。键入 Rcmd Rd2pdf linmod 生成pdf格式的命令手册。如果作者希望将自己制作的Package上传到CRAN,则必须要通过Rcmd check,并且其中不能有任何错误或警告。
参考网址
http://www.robjhyndman.com/researchtips/building-r-packages-for-windows
http://cran.r-project.org/doc/contrib/Leisch-CreatingPackages.pdf
http://www.biostat.uni-hannover.de/teaching/fallstudien/schaarschmidt2.pdf
本文引用地址:
http://www.sciencenet.cn/blog/user_content.aspx?id=247614
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